Афтозный терминальный илеит.

Здравствуйте. В марте при лечении пила линкомицин(стоматолог прописал)была температура.Через 10 дней стул стал жидкий ,вздутие и т.п.Гастроэнтеролог назначил панзинорм и эспумизан.Температура все это время 37.4 В апреле поставили диагноз обострение хронического холецистита, желчный 102 .Пила дазолик.одестон,креон,альфо-нормикс.После одестона желчный 90. Узи печень уплотнена,поджелудочная эхогенна.Далее так как боли в боку были, и живот сильно напряжен, болезненый, прописали кларитромицин,но я пропила его 3 дня и прекратила так как стало хуже.Во время лечения у гастроэнтеролого с лекарствами пила бифидокбактерин,бифиформ,линекс.Анализ на дисбактериоз показал норма флора в норме(когда сдавала также пила бифиформ и бифидокбактерин форте)а вот Citrobacter freudii 5•10^6 при норме до 10 ^4 и К.pneumoniae 10^5. Температура 37 иногда 37.4. Пошла др.клинику ,врач прописал энтерол и посоветовал ФКС. Сделала, диагноз афтозный терминальный илеит( тонкий кишечник)взяли биопсию и цитологию.Подскажите могут ли бактерии которые показал анализ на дисбиоз и наличие холецистита так повлиять на слизистую кишечника и быть причиной воспаления или это возможно результат неправильного прием антибиотика( линкомицина).