Частый дискомфорт в кишечнике, нестабильность

Добрый день! Мужчина 35 лет. Уже три года борюсь с заболеваниями ЖКТ. Перенёс 2 язвы ДПК (последняя 10 месяцев назад). Сейчас язв нет, HB отсутствуют (ФГС от 06.2016). За 1,5 года похудел на 10 кг (сейчас вес 68,5 кг). С января сего года постоянный дискомфорт в кишечнике, рано утром сразу после пробуждения и часто вечером в животе всё бурлит (такое было год назад после язвы, но потом проходило). «Бурление» в животе проходит после приёма пищи. В течении дня принимаю пищу через каждые 3 часа, если не приму пищу, в желудке (или кишечнике) будет давить. Кишечник очень чувствителен к пище, преимущественно кушаю диетическую пищу, но да же в этом случае, не могу найти закономерности, на какую еду возникает реакция. Стул не стабильный, бывает восстановится (твёрдый) на пару дней, потом опять несколько дней кашеобразный, диарея не чаще 1-2 раза в месяц (единожды). Последние 3 недели больше стал питаться фруктами и овощами, дискомфорт уменьшился, вроде бы и меньше бурлит в животе, но чувствую, что до здорового состояния далеко.
Последний очный приём у гастроэнтеролога 03.2016. Лечение: микрозим, бифиформ, метеоспазмал. Результат лечения - не удовлетворительный.

Диагностика:
1. УЗИ (06.2015) - Признаки гипертрофии стенок желудочного пузыря, протоковые изменения в печени, структурные изменения в поджелудочной железе (в возрасте 10 лет травили двуусок)
2. ФГС (05.2016) - патологий не обнаружено, тест НВ - не обнаружено
3. Анализ кала на яйцеглист (06.2016) - не обнаружено;
4. Капрология (06.16) - Мыло +, Переваримая клетчатка +, слизь - ед.
5. Дизбактериоз кишечника (выходят за табличные нормы следующие показатели):
лактобактерии <1х10*6 КОЕ/г; стафилококки сапрофитный/эпидермальный 1х10*6 КОЕ/г (ранее при диагностике 09.2015 г. так же был обнаружен стафилококк сапрофитный/ эпидермальный 1х10*7 и клепсиелла - пропивал поливалентный бактериофаг и при диагностике 01.2016 г. стафилококки и клепсиелла не обнаружены вообще).

Рассчитываю на Вашу консультацию. Какие ещё могут быть диагностики? Необходимо ли бороться с стафилококками (сапрофтиными, эпидермальными), если их показатель выше нормы в 100 раз? Может ли данный возбудитель быть причиной дискомфорта, нестабильностей и болей в ЖКТ? Прошу совета по методике лечения...

Болеть, лечиться (иногда безрезультатно) и снова болеть уже надоело.

С уважением, Дмитрий.