Могут ли появляться гематомы через два с половиной месяца после надрыва связки?

Нет, не норма! На работу Вас выписали не долеченным. Вам следует обратиться к зам.главврача поликлиники по экспертизе временной нетрудоспособности, доказать свою нетрудоспособность в условиях Вашей профессии (должности) и продолжить лечение. А пока, - 8-образная повязка на голеностоп, снимать только на ночь, до полного выздоровления.

Для выявления истинной причины Ваших симптомов необходимо проведение МРТ сустава. Всё станет ясно и понятно.

МРТ сустава стоит выполнить - могут быть неприятные "сюрпризы"

Норма - это когда всё работает. Экспертные вопросы по трудоспособности решает МСЭК.

МРТ может показать степень повреждения связок. В некоторых случаях требуется их хирургическое восстановление. КТ или повторный рентген помогут исключить пропущенный перелом лодыжки. 

Выполните МРТ сустава с записью  на диск.

Это точно не норма. Для дополнительной диагностики понадобится проведение МРТ сустава, по результатам можно будет подобрать лечение. Необходима разгрузка сустава с помощью ортеза.

Наталья, для правильного лечения такой ситуации нужна дополнительная диагностика. МРТ необходима, лучше не только голеностопного сустава, а всей стопы с захватом голеностопного сустава и нижней части костей голени.
Обязательна иммобилизация стопы (ортез, шина, гипсовый сапожок - по решению травматолога), значительное уменьшение нагрузки. 
Нужна консультация невролога, возможно и повторная (после ликвидации отечности). Нарушение подвижности пальцев может быть связано с отеком, повреждением определенной связки и/или определенного нерва стопы, переломом.
Проверить проведение нервного импульса по нерву можно с помощью электронейромиографии (ЭНМГ). Но процедура болезненная, применяется только для крупных нервов и такая аппаратура, скорее всего, есть только в областном центре. Решение о необходимости и целесообразности такой диагностики принимает невролог. 
Если у Вас есть признаки варикозного расширения вен или венозной недостаточности на этой ноге, нужны специальные медикаментозные препараты, т.к. при этом может длительно поддерживаться выраженный отек и появляться синяки. Иногда необходимо провести УЗИ вен этой ноги (решает хирург). Нужно проверить показатели свертываемости крови. 
Медикаментозное лечение, при необходимости, Вам могут назначить сейчас. Физиотерапевтическое лечение можно проводить только после уточнения диагноза. В настоящее время категорически противопоказаны любые тепловые процедуры на стопу (в том числе компрессы и растирания), массаж - будет ухудшение.