Может быть крапивница и атрофия части ворсин в ЖКТ из-за инфекции???

Здравствуйте! Помогите, пожалуйста, сориентироваться в диагностике и определении болезни.
У девочки (8 лет, рост 120 см, вес 19,5 кг) около 2-х месяцев аллергия по типу «крапивница» по всему телу, больше ничего не беспокоит. Сдали анализы:
- на катионный протеин эозинофилов – 3 мкг/л;
- иммуноглобулин Е(LgE) – 20 кМЕ/л;
- антитела к Helicobacter pylori LgG – 1.39 Ед/мл (положительный).
- анализ на дисбактериоз: Еcoli типичные (ферментирующие лактозу) 10 в 7 ст;
Еcoli лактозонегативная - 0;
Еcoli гемолитическая 0 ;
Другие условно-патогенные энтеробактерии -0;
Микробы рода протея - 0;
Неферментирующие бактерии - 0;
Энтерокок - 10^4;
Стафилококк -10^4 Staphylococcus aureus;
стафилококки (сапрофитный, эпидермальный) < 10^4;
бифидобактерии -10^5;
лактобактерии - 10^4;
бактероиды 10^9;
клостридии <10^5;
дрожжевые грибы 10^2;

Обратились к гастроэнтерологу. Диагноз: Гастрит и дуоденит Гастродуоденит ассоциированный с хеликобактерной инфекцией. Целиакия? Дерматит аллергический.
Назначено обследование: ФГДС с биопсией ДПК для исключения целиакии. Антитела к гельминтам и лямблиям.
Сдали кровь на антитела и лямблии – результат 0%.
Сдали ФГДС. Заключение : Поверхностный гастрит. Заброс желчи в желудок. Бульбит. Умеренно выраженный дуоденит.
Биописия. Заключение: Ворсинки длинные, прямые и извитые, покрыты призматическим эпителием. Встречаются участки с укороченными утолщенными ворсинками, покрытыми призматическим эпителием , с мелкими участками, лишенными эпителиального покрова. Крипты короткие, выстланы бокаловидными энтероцитами и клетками Панета. В строме ворсин, межкриптальной строме и строме слизистой – умеренная диффузная лимфоцинтарная инфильтрация с небольшой примесью нейтрофилов и эозинофилов. В подслизистом слое – группы овальных дуоденальных аденомеров, выстланных светлым дуоденальным эпителием. Заключение: Хронический умеренно активный эрозивный дуоденит с умеренной атрофией части ворсин.
На повторной консультации гастроэнтеролога после проведенных обследований доктор ставит диагноз : Целиакия атипичная? (доктор ставит из-за малого веса и атрофии ворсин в ЖКТ).

Может быть , что аллергия по типу «крапивница» и атрофия части ворсин быть по другой причине, например инфекция??? Какое необходимо сдать доп. обследование, чтобы исключить инфекцию????

Были на консультации дерматолога и аллерголога - сказали, это связано с ЖКТ, лечите кишечник.