Ирина
Муж., 4 лет. Ростов-на-Дону |
Здравствуйте. Моему сыну 4 года, очень слабый иммунитет, часто болеет орви, переходящими в отиты, пропадает слух. Аденоиды удалили. Врач подозревал первичную циллиарную дискинезию. Мы сделали полное секвенирование экзома. Результат: Варианты с неопределенной клинической значимостью, которые могут быть связаны с фенотипом пациента. Ген: TNFRSF1A, Положение в геноме (GRCh38/hg38) Идентификатор варианта в dbSNP: chr12:6333469 rs104895278 Замена нуклеотида, состояние: c.370G>A гетерозигота Замена аминокислоты: p.Val124Met Транскрипт (RefSeq), No экзона: NM_001065.4 4 экзон Частота аллеля, %: 0,005 Глубина прочтения, х: 80 Выявлен вариант нуклеотидной последовательности в 4 экзоне гена TNFRSF1A в гетерозиготном состоянии, приводящий к замене аминокислоты в 124 позиции белка. Мутации в гене TNFRSF1A в гетерозиготном состоянии описаны у пациентов с «Периодической семейной лихорадкой» (Periodic fever, familial; MIM# 142680), что предполагает доминантный тип наследования. Частота выявленного варианта нуклеотидной последовательности в контрольной выборке gnomAD составляет 0,005%. Вариант упоминается в научной литературе (см. ссылки), где указан как вариант с «неизвестным клиническим значением». Алгоритмы предсказания патогенности расценивают данный вариант как «вероятно патогенный» (CADD, Polyphen, Provean, SIFT4G, FAtHMM, LRT, Meta SVM, Meta LR, M-CAP, FAtHMM-MKL,SpliceAI, PhyloP) и «нейтральный» (Primate AI, FAtHMM-XF, AlphaMissense). По совокупности сведений, выявленный вариант нуклеотидной последовательности следует расценивать как вариант с неопределенной клинической значимостью, который может иметь отношение к фенотипу пациента в случае получения дополнительных подтверждающих данных. Cudrici, Cornelia et al. “Revisiting TNF Receptor-Associated Periodic Syndrome (TRAPS): Current Perspectives.” International journal of molecular sciences vol. 21,9 3263. 5 May. 2020, doi:10.3390/ijms21093263 Gaggiano, Carla et al. “Hints for Genetic and Clinical Differentiation of Adult-Onset Monogenic Autoinflammatory Diseases.” Mediators of inflammation vol. 2019 3293145. 31 Dec. 2019, doi:10.1155/2019/3293145 Базы данных болезней и клинической значимости вариантов нуклеотидной последовательности: OMIM, ClinVar. Сервисы предсказания патогенности: CADD, Polyphen, Provean, SIFT4G, FAtHMM, LRT, Meta SVM, Meta LR, M- CAP, Primate AI, FAtHMM-MKL,SpliceAI, PhyloP, FAtHMM-XF, AlphaMissense. Полученные результаты требуют проверки альтернативными методами (например, секвенированием по Сэнгеру), тщательного сопоставления с клиническими признаками и анализа происхождения выявленного варианта (унаследованный или появившийся de novo). Мы с мужем и наши родители визуально не страдаем никакими генетическими болезнями и случаев подобных заболеваний в его и моем роду не припоминаем. Скажите, пожалуйста, о чем говорят результаты данного исследования? Какая тактика действий дальше? Спасибо |
врач-генетик, офтальмолог, д.м.н.
Здравствуйте. Нет однозначного доказательства связи выявленной мутации с заболеванием. Для оценки ситуации надо исследовать кровь у родителей на эту мутацию. Врач должен хорошо знать особенности клиники, время манифестации патологического процесса и обследовать ребенка и родителей.
Время создания: 21 Декабря 2023 07:51 :: Тип участия: Прямая специальность
Оценок: 0
|