йод и щитовидка

Здравствуйте.

1. правильно ли 200 мкг йодида калия вместо 100 мкг? - вряд ли будет большая разница. Надо четко понимать цель лечения. Если она в том, чтобы убрать кистозное образование, то во-первых его не надо убирать, а во-вторых, йод его и не уберет. Если она в том, чтобы уменьшить объем щитовидной железы, то надо понимать, насколько этот объем больше нормы (я вряд ли это угадаю, хотя бы протокол УЗИ нужен), либо - ощущаете ли вы как-либо увеличение объема щитовидной железы.
Диагноз "диффузный эндемический зоб, связанный с дефицитом йода" вам могли поставить в том числе и для целей страховой компании (ну то есть не очевидно, что он у вас есть сейчас, без как минимум протокола УЗИ щитовидной железы. 
Правильность заочно не оценивают. Есть ли внутренняя логика в назначении йода по поводу диффузного йоддефицитного зоба - да, есть. Есть ли логика в увеличении дозы - зависит от цели лечения. По крайней мере от той, которую вы для себя сформулировали, если ваш очный врач ее вам не озвучила.

2. какой препарат йодида калия лучше? - любой, который продается в России легально. 

3. страшен ли этот зоб? - Это оценочное суждение, страшен или не страшен. Кто-то боится, допустим, бабайку, а кто-то нет. С зобом то же самое. 
Если зоб (т.е. объем щитовидной железы больше нормы) вам мешает, то есть несколько способов лечения. Назначение препаратов йодида калия - один из способов.
Зоб - это в общем случае доброкачественное состояние, но это не значит, что его никогда не лечат. 
В общем случае для того, чтобы понять, лечить или не лечить, нужны анализы крови на гормоны (у вас - в норме) и УЗИ щитовидной железы (в вашем вопросе нет описания УЗИ).