Замена глюкофаж лонг на випидию?

Здравствуйте.
Лечение, назначенное очным врачом, может корректировать только очный врач. Исключением может быть экстренная ситуация, но описанная вами - не экстренная.
Можно ли продолжить метформин при повышении АЛТ и АСТ до 2-3 норм - вероятно, да. 
Есть ли альтернативные препараты - вероятно, да, но полноценной альтернативы метформину нет.
Является ли алоглиптин единственным альтернативным препаратом - нет, и более того, он не является наиболее очевидной альтернативой. 

В инструкции метформина, который вы называете Глюкофаж лонг, есть раздел Противопоказания. Там указана печеночная недостаточность /нарушение функции печени. АЛТ и АСТ косвенно характеризуют функцию печени. Это объяснение логики вашего врача, отменившего метформин.
Тем не менее в инструкции метформина не указана методика оценки (тяжести) печеночной недостаточности. Поэтому каждый врач сам решает, что считать печеночной недостаточностью.
В инструкции алоглиптина, который вы называете Випидия, также есть печеночная недостаточность в противопоказаниях, но тяжелая и с указанием методики оценки тяжести - по Чайлд-Пью. 
В случае метформина скорее более логично также оценивать наличие печеночной недостаточности по Чайлд-Пью, а эта методика не включает анализ на АЛТ и АСТ, а включает анализ на билирубин. АЛТ и АСТ, хотя и про печень, но немного про другое.

Метформин нужно продолжать принимать при любой возможности. Вы можете обсудить очно снижение дозы, например. Если замена не связана с административными причинами (например, дали то, что было в льготе или в наличии), то следует обсуждать замену алоглиптина на препарат из другого класса, например иНГЛТ-2, в том числе в сочетании с метформином.